De los anexos del Presupuesto de Egresos de la Federación 2019, publicados por la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, se desprende que el presupuesto para la Conagua asciende a $23,727’238,434 pesos, distribuidos de la manera siguiente:
Presupuesto de Egresos de la Federación 2019 para la Conagua
| Pp | Denominación | Monto [$] | Porcentaje | Observaciones |
| O1 | Actividades de apoyo a la función pública y buen gobierno | 55,210,466 | 0.233 | Órgano Interno de Control, incluida una parte de los salarios |
| M1 | Actividades de apoyo administrativo | 316,760,323 | 1.335 | Incluye una parte de los salarios |
| E1 | Operación y mantenimiento de infraestructura hídrica | 1,901,148,018 | 8.013 | Incluye la energía eléctrica del Sistema Cutzamala |
| E5 | Capacitación ambiental y desarrollo sustentable | 17,695,694 | 0.075 | Incluye una parte de los salarios |
| E6 | Sistemas meteorológicos e hidrológicos | 298,618,968 | 1.259 | Lo ejerce en su mayor parte el Servicio Meteorológico Nacional |
| G10 | Gestión integral y sustentable del agua
(incluye una ampliación de 1,000,000,000 para gastos de operación, determinada por la Cámara de Diputados) |
6,591,920,336 | 27.782 | Incluye la mayor parte de los salarios y el gasto corriente para recursos materiales, inspecciones, verificaciones, trámites de aguas nacionales y formulación de decretos de reserva de agua para uso ambiental |
| K25 | Proyectos de inmuebles (oficinas administrativas) | 130,592,617 | 0.550 | Arrendamiento financiero para las oficinas centrales de la Conagua |
| P1 | Conducción de las políticas hídricas | 55,633,792 | 0.234 | Formulación de objetivos de política hídrica y su evaluación |
| P2 | Planeación, dirección y evaluación ambiental | 36,995,735 | 0.156 | Seguimiento y asistencia a la participación ciudadana mediante estudios técnicos, convenios de coordinación, talleres, reuniones, comités, grupos de trabajo y consultas públicas |
| K7 | Infraestructura de agua potable, alcantarillado y saneamiento | 4,463,680,398 | 18.812 | La Conagua ejerce aproximadamente la mitad, incluyendo las presas El Zapotillo y Milpillas, el Túnel Emisor Oriente y el mantenimiento de acueductos; la otra se transfiere a las entidades federativas, municipios y organismos operadores |
| K129 | Infraestructura para la protección de centros de población y áreas productivas | 1,155,000,000 | 4.868 | Proyecto hidrológico para proteger a la población de inundaciones y aprovechar
mejor el agua en el estado de Tabasco (Prohtab) y mantenimiento del Sistema Hidrológico de la Cuenca del Valle de México |
| S74 | Programa de agua potable, alcantarillado y saneamiento
(incluye una ampliación de 1,500,000,000 determinada por la Cámara de Diputados) |
3,743,532,625 | 15.777 | Lo ejercen entidades federativas, municipios y organismos operadores (Por mucho tiempo conocido como Apazu) |
| R16 | Provisiones para el rescate y rehabilitación del lago de Texcoco | 1,665,000,000 | 7.017 | Los recursos de este programa se transfieren |
| U1 | Programa de devolución de derechos | 2,300,050 | 0.010 | Se devuelven a los organismos operadores de agua potable |
| K111 | Rehabilitación y modernización de presas y estructuras de cabeza | 447,000,000 | 1.884 | Programa de ámbito nacional |
| K141 | Infraestructura para la modernización y rehabilitación de riego y temporal tecnificado | 846,149,412 | 3.566 | Proyecto Baluarte-Presidio, presa Santa María, construcción de la presa y zona de riego El Chihuero, y construcción del Canal Centenario |
| S217 | Programa de apoyo a la infraestructura hidroagrícola (ampliación total determinada
por la Cámara de Diputados) |
2,000,000,000 | 8.429 | Lo ejercen distritos y unidades de riego (Por mucho tiempo conocido como Riego parcelario) |
| Total | 23,727’238,434 |
Pp: Programa presupuestario
O: Órgano interno de control
M: Actividades de apoyo
E: Servicios públicos
G: Regulación y supervisión
K: Proyectos de inversión
P: Planeación y políticas públicas
S: Sujetos a reglas de operación
R: Específicos
U: Subsidios
El presupuesto de $23,727’238,434 se divide de la manera siguiente:
Distribución del presupuesto de Conagua para 2019
| Gasto corriente | 9,501,660,628 |
| Servicios personales | 3,738,171,328 |
| Operación | 5,454,116,495 |
| Subsidios | 245,372,993 |
| Otros | 63,999,815 |
| Gasto de inversión | 14,225,577,803 |
| Inversión física | 8,707,422,427 |
| Subsidios | 5,518,155,376 |
| Gasto total | 23,727,238,434 |
Dos programas presupuestarios, el E001 y el G010, absorben el 92.11% del gasto corriente para operación; tres programas ―R016, K007 y K129― concentran el 83.65% del gasto de inversión física ejecutada directamente por la Conagua, y el 99.68% de los subsidios a la inversión se destinan a los programas S074 y S217.
